Su buena gestión económica permitió que el FC Barcelona fuese uno de los únicos cuatro clubes de España que no fueron obligados a convertirse en sociedad anónima deportiva.
El interés de Núñez por conseguir los máximos beneficios económicos también le valió, en cambio, algunas críticas. Su dureza a la hora de renovar a los jugadores y aumentarles el sueldo le valió numerosas críticas. El propio entrenador Johan Cruyff manifestó en diversas ocasiones que "el dinero debía estar en el campo, no en el banco". La política de contención salarial causó la marcha de grandes jugadores como Diego Armando Maradona, Schuster, Romario, Ronaldo, Stoichkov, lo que le valió duras críticas por parte de los medios de comunicación y la afición.














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