Unos años en la capital lisboeta le catapultan al otro Sporting, el de Braga, donde juega hasta que el Deportivo de la Coruña pone sus ojos en él trayéndole a la Liga española a finales de los cincuenta. En Riazor apenas está dos meses jugando los últimos partidos de la campaña 1957/58, destacando por encima del resto de jugadores.
El Atlético quiere ficharle y no tiene ningún problema en hacerse con los servicios del angoleño en agosto de 1958, precisamente el mismo verano en el que aterriza en el Metropolitano Vavá, el equipo afronta la primera participación europea de su historia y se retira definitivamente el máximo goleador de la historia del club, Adrián Escudero. En la 1959/60 ganó la Copa de España, que fue el primer título de Copa en la historia del Atletico de Madrid. Al año siguiente consiguió su segunda Copa de España.
En la temporada 1961/62 se proclamó campeón de la Recopa de Europa, primer título europeo de la historia del conjunto rojiblanco. En esa final Mendonça marcó un gol. Con el Atletico de Madrid ganaria además otra copa y una liga. Permaneció en el club rojiblanco nueve temporadas consiguiendo, además de cuatro títulos, tres subcampeonatos de liga y un subcampeonato de la Recopa de Europa. Pasará a la historia por ser el jugador que marcó el gol que ponía punto y final a la mejor racha de victorias del Real Madrid en su estadio.
En la 1967/68 ficha por el FC Barcelona. En su primera temporada gana una Copa de España ("La final de las botellas") y consigue un subcampeonato de liga. Permanece el el equipo dos temporadas. En la 1969/70 se marcha a jugar al Real Mallorca. Esa temporada, tras la cual el equipo descendería a Segunda División, casi no dispone de oportunidades para jugar. Mendonça disputó un total de 206 partidos en Primera División marcando 72 goles.
