En el 2000 entró a formar parte de las categorías inferiores del Real Club Deportivo Espanyol. Pronto empezaría a destacar por su habilidad de goleador. En 2001 ascendió hasta el Espanyol B, donde siguió manteniendo buenas rachas goleadoras. Sin embargo, su carrera se vio frenada por las continuas lesiones de rodilla que sufrió, las cuales casi le apartan para siempre del fútbol.
Fue alternando entre el filial y el primer equipo, y en 2005 y 2006 cedido, primero en la UD Almeria y después en el Poli Ejido. Finalmente se asentó en la primera plantilla en el año 2007.
El último partido con el Espanyol lo jugó en el derby contra el FC Barcelona como capitán del equipo antes de que se marchara cedido al Albacete el 31 de enero de 2009, sin opción de renovar contrato a final de temporada.
En julio de 2009 Jonathan Soriano volvió al Futbol Club Barcelona B donde sus goles y experiencia han ayudado a ascender al filial a Segunda División A.
Jonathan Soriano jugó su primer partido con el primer equipo del FC Barcelona el día 28 de octubre de 2009 en la ida de los dieciseisavos de final de la Copa de España frente a la Cultural Leones. El partido acabó con el resultado de 0-2 favorable al FC Barcelona. Entró en el terreno de juego al final de la segunda parte sustituyendo a Jeffren, disputando tan solo nueve minutos. En la temporada 2010/11 el entrenador Pep Guardiola lo llamó para que jugará la pretemporada con el Fútbol Club Barcelona.
Ayer marco su 17º gol en la Liga Adelante y esta a solo dos goles de Geijo el actual pichichi. Estamos buscando un delantero diferente y Jonathan Soriano sigue mandando mensajes a Pep, de que el delantero esta en la cantera. Cuando ayer marcaba el tercero de su equipo Jonathan Soriano se convertía en el jugador del filial blaugrana que ha metido más goles en una temporada jugando en 2ªA, incluso ha superado a Christiansen que logro solo un hat-trick, con el del domingo lleva uno más.
Ahora deberiamos ver si aceptaría ser suplente en el primer equipo, pero un goleador siempre es necesario y ya la temporada pasada en 37 partidos marco 22 goles y este año estara cerca de esa marca
