Comienza su carrera deportiva en el Ademar de León, el club de su ciudad, donde jugó durante trece temporadas desde las categorías inferiores hasta el primer equipo, del que llegó a ser capitán. Durante este periodo alcanzó varios títulos en cuanto a clubes, así como la internacionalidad con su selección y fue nombrado el mejor jugador de campo para la IHF en 2004. Hoy en día sigue siendo el máximo anotador en la historia de este club y es el jugador que más veces ha vestido la camiseta del Ademar de León tanto en competiciones europeas como la Asobal.
La temporada 2005/06 ficha por el F.C. Barcelona con un contrato que lo liga inicialmente a la entidad azulgrana por un período de tres años. Desde el 26 de enero de 2010, Juanín es el máximo anotador de la Historia de la selección española, al superar Juan Francisco Muñoz Melo, en el partido del Europeo de Austria que enfrentaba España y Alemania, en el que anotó 5 goles
Juanín sigue batiendo récords, y el 14 de mayo de 2011 se convirtió en el máximo anotador en la historia de la Liga Asobal en superar la anterior plusmarca anotadora que estaba en poder de Mateo Garralda, con 1.788 goles.
El verano de 2012, a una decisión muy polémica de Valero Rivera, se quedó fuera de la convocatoria de la selección española para los Juegos Olímpicos de Londres, y posteriormente para el Mundial de balonmano celebrado en España. El 31 de marzo de 2013 se convirtió en el primer jugador en llegar a los 2000 goles en la Liga Asobal.
La temporada 2013/14, ganó cinco títulos con el FC Barcelona, en un gran año en el que el equipo sólo no pudo ganar la Copa de Europa, y en la Liga ASOBAL ganó todos 30 partidos disputados, con un nuevo récord de goles, 1146.
El 5 de junio de 2014 se anunció que, tras dejar el FC Barcelona, donde había estado durante nueve temporadas, fichó por Naturhouse La Rioja, también de la liga ASOBAL.
1 Copa de Europa (2010/11)
5 Liga ASOBAL (2005/06, 2010/11, 2011/12, 2012/13, 2013/14)
4 Copa de España (2006/07, 2008/09, 2009/10, 2013/14)
5 Ligas de los Pirineos (2005/06, 2006/07, 2007/08, 2009/10, 2010/11)
5 Supercopas de España (2006/07, 2008/09, 2009/10, 2012/13, 2013/14)
4 Copas ASOBAL (2009/10, 2011/12, 2012/13, 2013/14)