El estallido de la Guerra Civil Española se prujo casi un mes de la final de Copa que perdió el Barça ante el Real Madrid. Este conflicto pillo al club en pleno periodo vacacional y solo operaba la Secretaría Técnica, habían incorporado a la estrella uruguaya Enrique Fernández, pero ya no pudo jugar en el Barça. Años más tarde sería entrenador del Barça y del Madrid.
En Barcelona se derrotó la sublevación del General Goded y la situación no varió mucho durante los primeros años.
El 31 de julio, Josep Sunyol presidente del Barça convoca una junta para tratar de la delicada situación socila y económica que podría acarrear aquella situación. Pocos días despues Josep Sunyol diputado por ERC, emprendía un viaje para Madri para ponerse al servicio de la II República. Un error les hizo pasar por la Sierra de Guadarrama y entraron en zona franquista, donde fueron detenidos y fusilados, sin juicio previo. Era el 6 de agosto de 1936.
Sólo una semana después llegó la noticia a Barcelona, y causó una gran conmoción no solo en los medios deportivos, sino en los ciudadanos, ya que Josep Sunyol era una persona querida y respetada en Barcelona.
Rápidamente se convoca una Junta Directiva por parte del vicepresidente Joan Soler Julia. Y se aprobó crear un Consejo Directivo y un Comite de Empleado, para que se hicieran cargo de la administración del club.
El 15 de agosto de 1936, el Barça recibe un Comunicado de la CNT-FAI en la que se anunciaba la incautación del Club y de Les Corts. Para constrarestar esta orden. El Comite que representaba los intereses de los empleados y jugadores decidieron hacer lo mismo y se evitó el primer KO. Ya que era más importante el bienestar de los trabajadores que el de un partido politico.
Los socios dejaron evidentemente de pagar su cuotas el club solo tenía en la Banca Jover y en el Banco Bilbao unas 125.000. Por motivos politicos el Consejo Directivo fue suprimido, ya que era un "símbolo capitalista". Viendo que la situación cada vez era más caótica, los técnicos y jugadores se rebajaron su sueldo a 500 ptas mensuales y también rebajaron las primas. Durante los últimos cuatro meses sólo jugarian 4 partidos amistosos y los partidos de la Copa Catalunya dodnde quedaría 2º
En 1937 los clubs del Levante español y los clubs de Catalunya decidieron crear una liga. Es la llamada Liga del Mediterraneo Y la jugarian el Barça. Espanyol, Girona, Granollers, Valencia, Levante, Gimnastic de Valencia y Castellón. La liga se disputó entre los meses de enero y mayo, proclamandose campeón el Barça. Claro que ni la disputa de la Copa Catalunya (que también gano aquel año) ni la Liga del Mediterraneo, fue la panacea que muchos esperaban....
Es cuando entonces un antiguo jugador de beisbol del club y que vivía en Mexixo, Manel Mas, se dirigue al Barça y le prometen 15.000 $ a cambio de 6 partidos en el Nuevo Continente. La propuesta fue aceptada en el momento. Los hombres que cruzaron el charco fueron: O'Conell (entrenador), Angel Mur sr (masajista), Modesto Amoros (cuidador) y los jugadores: Argemí, Babot, Balmanya, Bardina, Escolà, García, Gual, Iborra, Munlloch, Pagès, Pedrol, Rafa, Urquiaga, Ventolrà y Zabalo. Como delegado iba Rossend Calvet.
Al final lo que iba a ser solo 6 partidos se convirtieron en ¡¡¡13!!!, de los cuales se ganaron 9 y se perdieron 4. Los jugadores Ventolrà, García, Pedrol, Gual, Iborra y Urquiaga viendo la espectativa que habían en Europa decidieron quedarse a vivir en Mexico, Otros jugadores como Balmanya, Escolà y Zabalo a su regreso a Barcelona, emigraron a Francia donde prosiguieorn su carrera deportiva
Calvet decidió ingresar el dinero en un Banco de Paris a su regreso. Los 12.900 $ de beneficios, una vez descontados los gastos.
De vuelta a Barcelona y en 1938, el Barça se vuelve a imponer en a Liga, ahora sin los clubs del Levante, por causa de la guerra y de que la mayoría de los jugadores estaban combatiendo.
El 1 de Noviembre de 1938, y viendo como se estaban poniendo las cosas el FC Barcelona y el Ayuntamiento de la ciudad y para evitar males mayores deciden alquilar Les Corts al Cuerpo de Policia Uniformada. Eso acarreaba un beneficio de 5000 ptas al mes.
Hay que decir que en ese mismo año, el 16 de Marzo, en uno de los habituales bombardeos de los aviones nacionales y de las fuerzas áereas alemanas acertaron con el edificio 331 de la Calle Consell de Cent 331. Sede del Club, Cientos de Copas, banderines, recuerdos, papeles y trofeos quedaron en medio de los cascotes. Josep Cubles, el conserje del edificio, que vivía alli, no le sucedió nada. Y a pesar del peligro que había de derrumbamiento, salvo muchos de esos recuerdos. Incluso pudo recuperar 2.500 ptas del club, que habían escondido en una cañería, por si había un asalto a la sede.
Despues de estos últimos meses, el ejercito rebelde inicia el asalto a la Ciudad Condal y ya no hubo más amisotoso. El 22 de Abril de 1939. Después de le entrada "triunfal" del ejercito rebelde, los miembros del Comite Directivo estudian la situación y se procedió a la creación de una Comisión Gestora. En la que por "simpatias" al nuevo regimen se admiten con vocales a : Antonio Vallès, Agapito Vallmitjana Y Manuel Bravo. Se acuerda trasladar la sede al nº 620 de la Av Jose Antonio Primo de Rivera (hoy Gran Via de Les Corts Catalenes). Esta comisión actuaria hasta que en 1940, el COE elige como presidente a Enrique Piñeyro, Marqués de la Mesa de Asta.
y seguro que estaran a mi lado cuantos, en aquellos tiempos en que el fútbol era algo raro y mirado con desconfianza, no vacilaron en apoyarme y secundarme. En este momento quiero olvidar agravios y desconsideraciones recibidas que han motivado mi apartamiento de la vida interna del club, para reclamar un puesto en la lucha que todos vamos a emprender para reanimarlo. Si alguien quiere secundarme que lo diga. Sino yo solo arrastrare con la responsabilidad"Evidentemente, nadie se negó a aceptar el reto. Y enardecidos por las palabras del fundador decidieron secundarle, al tiempo que pidieron a Gamper, que fuera el presidente. Sería la
pirmera vez que Hans Gamper era elegido presidente del club que había fundado. Se eligió una nueva Junta y Hans Gamper, fue casa por casa de los que habían sido socios para hablarles. Poco tiempo después la mayoría volvieron a ser socios. Pronto se superaron los 200 socios, el milagro se había consumado.